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单细胞测序送样指南(单细胞测序样品准备)

发布时间:2022-03-25 11:06:16 阅读:116862次 来源:欧易生物

  对单细胞测序项目而言,实验样本的制备、采集、保存和运输是关系到项目能否顺利执行第一步,也是实验是否成功的关键一步,对后续结果起着至关重要的作用。

  现阶段,小欧这边收到过的样本不仅包括新鲜或冻存的人或动物的组织、器官、血液、体液样本,各种动植物活体样本,还有做空间转录组的OCT包埋样本、FFPE石蜡样本等,可以说是包罗万象、不胜枚举... …

  今天就为大家精心梳理了单细胞测序常见样本类型在制备和运输中的注意事项,助力各位老师和科研小伙伴们的项目顺利开展。

  一、新鲜组织样本

  单细胞测序首选新鲜组织样本,能保持样本最原始组织活性状态,获得高质量的单细胞悬液,可适用于3’转录组、5’转录组等多种单细胞测序项目。

  1)选取关注的组织部位,尽量弃去与实验样本无关的组织,用无菌手术刀将组织切割为约5mm(黄豆大小),用PBS、HBSS或培养基将剪碎的组织清洗1-2次;

  2)将清洗过后的组织放入美天旎组织保护液*中(Cat#:130-100-008),注意组织要确保完全浸没在保护液中。

  说明:

  ① 组织保护液适用于多个组织或者不连续性组织样本处理过程,48h内的组织保存,可有效保证干细胞功能性和免疫细胞的稳定性。

  ② 为保证时效性,由小欧专业分装提供给老师,规格为1.5ml/支冻存管,放入组织后可完全包裹组织且不会溢出,可备份1管以备不时之需。客户有取样需求时可通过我们当地销售同事发起申请,小欧随时提供顺丰、闪送、城市映急、跨省当日达等任意一种物流方式低温保鲜快捷方便的送达老师手上。

  ③ 组织保护液保存有要求,2-8℃存放不建议过多囤放,以防滋生细菌。使用前要仔细阅读说明书,观察试剂状态为无色透明液体,无沉淀、无异样。

  未放入样本时轻微冻融不影响使用,但保存超过一个月后应谨慎使用,以免辛苦采集的样本因污染影响实验结果。

  3)取好的新鲜样本4℃保存,30h内运达公司;

  说明:若选择-20℃冰袋运输,请使用发泡纸(临床使用棉花、纱布等)多层包裹样本管,务必确认液体在运输过程中不会冷冻结冰,运输过程中组织冻结会损伤细胞活性;气温较高时应多放置一些冰袋,确保样本寄到公司时保温盒内温度仍处于2-8℃。上海同城可选择碎冰,样本直接插入碎冰固定。

  4)对于特殊情况无法保证物流速度送达上海欧易的,比如老师自己解离、需要流式分选等情况,可以预约我们的专业技术人员上门为老师提供上机服务。

  5)新鲜样本还有一种特殊的“类型”,就是老师亲自带活体动物到欧易实验室现场解离,小欧负责提供场地、工具并且协助老师取样,并安排样本取好后第一时间解离。

  、冻存组织样本

  相较新鲜样本的时效性,冻存组织更便于长途运输,适用于需要一段时间内分批次采集的样本,或者较难采集到的珍贵样本。用于单细胞解离的新鲜组织可以通过浸泡在组织冻存液中梯度冻存以保持细胞的活性。

  具体步骤如下:

  1)取0.1-1g的新鲜采集的动物组织,去除多余部分,分割成黄豆粒大小的小块,无菌条件下用PBS清洗后转移至2ml冻存管中;

  2)加入1ml组织冻存液*,对组织块进行重悬混匀,室温静置10min;

  说明:

  ① 组织冻存液推荐配方:

  80%DMEM+10%FBS+10%DMSO;

  ② 组织冻存液由小欧配制,与组织保护液一样,分装于2ml冻存管中,每管1ml。

  ③ 冻存液需要4℃避光保存,新鲜配制的冻存液为玫红色透明液体,试剂颜色会随培养基氧化程度变深。当试剂变为黄色或者出现絮状物或团状物时,可能已经变质或长菌,请勿使用!

  ④ 同时申请保护液和冻存液时,一定要注意区分(颜色不同),千万不要用错试剂哦!

  3)室温条件下准备梯度降温盒,内置新鲜异丙醇,将装有组织块悬液的冻存管放入梯度冻存盒,置于-80℃过夜;

  4)冻存好的样本可放置于-80℃保存。样本用干冰运输至公司时,一定要保证干冰充足,确保样本到达时仍处于低温冻存的环境。可根据运输距离、温度、快递实时情况(疫情、双十一、国家安检临时政策)等,按照每天消耗1kg干冰的量适当添加干冰。

  5)当样本用于细胞核测序或者单细胞多模态测序时,样本处理就简单多了,只有将新鲜采集好的组织在无菌条件下用PBS或生理盐水清洗干净,然后放入冻存管中,液氮速冻、干冰运输即可。

  三、血液、体液类样本

  1)血液样本,抽取人外周血5ml至EDTA抗凝管;体液样本可直接提取后放入15ml或50ml离心管中。

  2)保证样本2-8℃环境运输,8h 内运输至欧易生物。用冰袋运输时,需用气泡膜包裹样本以防样本冻结凝固,同时,也可防止样本管在运输过程中被砸碎!

  四、植物活体样本

  植物细胞原生质体解离的成功对植物的生长状态有较高要求, 为确保植物取样部位新鲜,我们建议老师把生长状态良好的活体植株直接运输至欧易生物,取材前与我们实验室技术人员沟通好具体的取材部位和注意事项,将由小欧继续培育植物样本到实验结束。目前我们承接并成功解离的植物样本也是琳琅满目(油橄榄、土豆、石斛、茶树、桑树、葡萄、大蒜、大豆、水稻等)… …快要能够开一个小小的植物园了!

  五、OCT包埋样本

  空间转录组因其能体现组织不同区域的细胞异质性而备受研究者青睐。要获得理想的空间转录组测序数据,正确的样本处理方式必不可少。无论是新鲜动物组织还是植物组织,开展空间转录组项目之前都要先用OCT将组织进行包埋,那具体的包埋流程是怎样的呢?

  1)包埋前准备:OCT、包埋盒、无尘纸(由小欧邮寄)。

  2)包埋盒上标好样本名称、样本方向、包埋日期。

  3)用无尘纸擦干待包埋组织表面的血水杂质等(一定要吸干哦,不然包埋后会有水珠凝结成冰晶影响后期图像结果)。

  4)将4℃预冷的OCT先在纸上排出气泡,滴加少量OCT在包埋盒中央,把处理好的组织放入包埋盒,注意目标病理区一定要朝外,方便组织切片。另外,组织周围不可有气泡。

  5)顺时针继续慢慢加入OCT把组织完全覆盖后,移入-80℃,直至OCT完全冻结后,用锡箔纸包裹好并做好标记,干冰运输至欧易生物。

  P.S. 如果是提前冻存好的组织,只要保证包埋全程在干冰上即可,确保包埋过程中冻存组织没有融化。包埋方法同新鲜组织样本。

图例

  六、FFPE空间样本

  目前我们仅接收包埋好的人或小鼠的石蜡块。通常2-8℃冰袋运输或干冰运输都可以,避免常温运输。


本文链接:https://www.zjby-biotech.com/news/hyzx/985.html

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