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LncRNAs的功能研究方法(lncrna研究思路机制)

2022-03-22 10:33:15
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  1. RNA Interference (RNAi)

  传统的基因修饰涉及RNA干扰(RNAi)技术,如siRNA和shRNA常用于lncRNA功能研究。shRNA在转染能力上克服了siRNA的局限性,通过病毒载体引入shRNA可以使其稳定整合并长期敲除靶基因。同时,shRNA可被诱导并用于需要严格调控基因的功能研究。

  2. CRISPR/Cas9

  CRISPR工具可以通过直接突变DNA序列来降低lncRNA的表达或功能。不过,多数情况下,lncRNA会与蛋白编码基因重叠,因此CRISPR的使用可能会同时影响lncRNA和蛋白编码基因的功能。CRISPR也可以作为靶点模块招募激活因子和抑制剂来影响lncRNA的转录。此外,它还有助于调控邻近lncRNA特定区域的染色质结构,最终干扰其表达。

图例

  3. CRISPR Interference (CRISPRi)/ CRISPR Activation (CRISPRa)

  一种改进的CRISPR系统,称为CRISPR干扰/激活(CRISPR i/a),分别通过阻断或激活转录,有效下调或上调基因表达。CRISPRi技术已经成功抑制了HEK293细胞中绿色荧光蛋白(GFP)的表达,甚至抑制了内源性基因CXCR4和CD71的表达。

  CRISPR i/a的应用

  (Ashish G , et al. Nuclc Acids Research, 2016)

  4. 反义寡核苷酸(ASO)

  ASOs进入细胞核的能力高于siRNA和shRNA然而,由于ASOs的单链性质和核酸酶的作用,其在细胞内的稳定性较低。为了克服这一问题,一种由15到20个核苷酸组成的ASOs,其主链上有硫代磷酸修饰,可以抑制细胞核酸酶的降解。需注意的是,高浓度的ASOs会导致脱靶效应。


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