以下分析的是石蜡包埋固定及HE染色过程：
1、取材与固定
从人或动物新鲜尸体上取下组织块(一般厚度不超过0、5厘米)投入预先配好的固定液中(10％福尔马林，Bouin氏固定液等)使组织、细胞的蛋白质变性凝固，以防止细胞死后的自溶或**的分解，从而保持细胞本来的形态结构。
2、脱水透明
一般用由低浓度到高浓度酒精作脱水剂，逐渐脱去组织块中的水份。再将组织块置于既溶于酒精，又溶于石蜡的透明剂二甲苯中透明，以二甲苯替换出组织块的中酒精，才能浸蜡包埋。
3、浸蜡包埋
将已透明的组织块置于已溶化的石蜡中，放入溶蜡箱保温。待石蜡浸入组织块后进行包埋：先制备好容器(如折叠一小纸盒)，倒入已溶化的石蜡，迅速夹取已浸透石蜡的组织块放入其中。冷却凝固成块即成。包埋好的组织块变硬，才能在切片机上切成很薄的切片。
4、切片与贴片
将包埋好的蜡块固定于切片机上，切成薄片，一般为4～6微米厚。切下的薄片往往皱折，要放到加热的水中烫平（54℃），再贴到载玻片上，放45℃恒温箱中烘干。
5、脱蜡染色
常用的染色法是苏木素和伊红染色（简称HE染色），以增加组织细胞结构各部分的色彩差异，利于观察。苏木精(Hematoxylin，H)是一种碱性染料，可将细胞核和细胞内核糖体染成蓝紫色，被碱性染料染色的结构具有嗜碱性。伊红(Eosin，E)是一种酸性染料，能将细胞质染成红色或淡红色，被酸性染料染色的结构具有嗜酸性。对碱性染料和酸性染料亲和力都不强的物质，称为中性物质。细胞内被染成蓝色、红色和呈淡色的颗粒分别称为嗜碱性颗粒、嗜酸性颗粒和中性颗粒。染色前，须用二甲苯脱去切片中的石蜡，再经由高浓度到低浓度酒精，后入蒸馏水，就可染色。
HE染色过程是：
①将已入蒸馏水后的切片放入苏木精水溶液中染色数分钟。
②酸水及氨水中分色，各数秒钟。
③流水冲洗1小时后入蒸馏水片刻。
④入70％和90％酒精中脱水各10分钟。
⑤入酒精伊红染色液染色2—3分钟。
6、脱水透明：
染色后的切片经纯酒精脱水，再经二甲苯使切片透明。
7、封固：
将已透明的切片滴上加拿大树胶，盖上盖玻片封固。待树胶略干后，贴上标笺，切片标本就可使用。我们在切片中所观察到的标本，是将器官或组织用切片机切成薄片并粘贴在载玻片上，经过染色等步骤制作而成。
