一、流式细胞术可以用来检测细胞表面以及胞内的各种标志，对细胞进行分群鉴定以及各种蛋白表达量高低的比较。不仅仅是免疫细胞，其他的如肿瘤细胞、成纤维细胞、干细胞等都可以用流式细胞术进行检测分析和分选。
二、通过标记Ki67、BCL-2、caspases等增殖及凋亡相关基因，流式细胞术可用来检测细胞的增殖以及凋亡。
三、流式细胞术可用来分析细胞周期。细胞核DNA含量随着细胞增殖周期时相的不同而发生变化，用DNA染料进行染色，DNA含量多，荧光信号强，DNA含量少，荧光强度低。在肿瘤学研究中尤其常用，可以用于判断药物对肿瘤细胞影响、肿瘤的生长速度等。
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