免疫沉淀实验流程目前主要有两种不同的ChIP实验方法:
1.2 Cross-liking Chromatin Immunoprecitation (交联染色质免疫沉淀,X-ChIP)
1.甲醛处理细胞,使 DNA-protein 的相互结合作用被交联固定。
2.裂解细胞,得到全细胞裂解液。
3.超声处理,将基因组 DNA 打断至 100-500bp。
4.抗体免疫沉淀:在细胞裂解液中加入一抗和 beads,并进行孵育。
5.采用合适的实验条件进行洗脱,并解交联。
6.通过 qPCR 对 ChIP 结果进行验证。
7.准备好的 ChIP 后的 DNA 样品可以用于 ChIP Sequencing 建库。
1.1 Native Chromatin Immunoprecipitation (自然染色质免疫沉淀,N-ChIP)
1.通过非变性的方式得到核裂解液。
2.微球菌核酸酶(Micrococcal nuclease)消化染色质,得到单核小体或核小体寡聚体。
3.抗体免疫沉淀:在细胞裂解液中前后加入一抗和 beads,并进行孵育。
4. DNA 分离。
5.通过 qPCR 对 ChIP 结果进行验证。
6.准备好的 ChIP 后的 DNA 样品可以用于 ChIP Sequencing 建库。