免疫沉淀实验流程目前主要有两种不同的ChIP实验方法：

　　1.2 Cross-liking Chromatin Immunoprecitation (交联染色质免疫沉淀，X-ChIP)

　　1.甲醛处理细胞，使 DNA-protein 的相互结合作用被交联固定。

　　2.裂解细胞，得到全细胞裂解液。

　　3.超声处理，将基因组 DNA 打断至 100-500bp。

　　4.抗体免疫沉淀：在细胞裂解液中加入一抗和 beads，并进行孵育。

　　5.采用合适的实验条件进行洗脱，并解交联。

　　6.通过 qPCR 对 ChIP 结果进行验证。

　　7.准备好的 ChIP 后的 DNA 样品可以用于 ChIP Sequencing 建库。

　　1.1 Native Chromatin Immunoprecipitation (自然染色质免疫沉淀，N-ChIP)

　　1.通过非变性的方式得到核裂解液。

　　2.微球菌核酸酶（Micrococcal nuclease）消化染色质，得到单核小体或核小体寡聚体。

　　3.抗体免疫沉淀：在细胞裂解液中前后加入一抗和 beads，并进行孵育。

　　4. DNA 分离。

　　5.通过 qPCR 对 ChIP 结果进行验证。

　　6.准备好的 ChIP 后的 DNA 样品可以用于 ChIP Sequencing 建库。