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10种常见PCR技术,10分钟带你了解它们的区别

2024-09-04 15:54:48
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一、热启动PCR(Hot Start PCR)

 

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1.原理:在反应构建过程中抑制热启动Taq聚合酶活性或修饰dNTP聚合,直至热激活步骤启动。在允许室温构建反应的同时,不会出现非特异性扩增和引物二聚体形成。

2.特点:防止引物结合到同源性低的模板序列上进行延伸(错配);在反应体系配置过程中防止引物相互结合之后的延伸(形成引物二聚体);增加靶片段的灵敏性和产量;在高通量或自动化液体处理平台上进行PCR体系配置,因为反应在室温下稳定,不会影响特异性。

3.应用:主要用于基因表达分析、病原体检测和突变位点鉴定等方面的研究。

二、巢式PCR(Nested PCR)

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1.原理:利用第1轮PCR产物作为第2轮PCR的模板,除使用第1轮的1对特异引物之外,在第2轮PCR反应中,使用1对新的特异引物,它们与模板DNA的结合位点处于第1轮引物扩增出的DNA片段内,这样在第2轮中错误扩增的可能性极低。(目前还包括常规巢式PCR、半巢式PCR、反转录巢式PCR、共有序列巢式PCR、种特异巢式PCR等多种方法)。

2.特点:克服单次扩增平台期效应的限制,使扩增倍数提高,从而极大提高了PCR的敏感性;由于模板和引物的改变,降低了非特异性反应连续放大进行的可能性,保证了反应的特异性;能保证整个反应的准确性及可行性。

3.应用:常用于微生物学、生物信息学、生物医学等方面的研究。

三、降落PCR(Touchdown PCR)

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1.原理:根据引物的Tm值,设置一系列从高到低的退火温度,且需将前面几个循环的退火温度设定为高于引物的最高熔解温度(Tm)。较高的温度有助于避免产生引物二聚体及非特异性引物-模板复合物的形成,因此可减少非特异扩增。

2.特点:低水平、高特异性的扩增在循环早期,此时的退火温度高于“最合适”的退火温度;当退火温度在目的产物的Tm值与假阳性产物的Tm值之间时,目的产物的竞争优势更加明显;较低的退火温度能有效地增加目的产物的产量,同时使非特异性的扩增降到最低。

3.应用:适合用于避免非特异性PCR产物出现的实验(PS:尤其是当使用复杂的基因组DNA模板,非特异性退火易发生时)。

四、直接PCR(Direct PCR)

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1.原理:同常规PCR工作原理相似,区别在于所使用的定制缓冲液,其样本可不经过核酸抽提,直接进行PCR反应,但对于参与直接PCR反应的酶的耐受性和buffer的兼容性有相对应的要求。

2.特点:具有高度耐受的聚合酶,可直接对样本中的核酸分子进行检测。

3.应用:常用于基因分型、转基因、质粒检测、基因敲除分析、DNA来源鉴定、物种鉴定、SNP分析等研究领域。

五、快速PCR(Fast PCR)

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1.原理:基于普通PCR的工作原理,在保证PCR反应特异性、灵敏性、保真度的前提下,在更短时间内完成对核酸分子的扩增。

2.特点:通过缩减PCR步骤所需时间来完成更快的扩增,且不会影响扩增产量和效率。

3.应用:用于提高临床病例样本检测及诊断的效率、疾控现场应急操作等。

六、定量PCR(Quantitative PCR)

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1.原理:以一种标准作对照,通过对PCR终产物的分析或PCR过程的监测,对PCR起始模板量进行定量的技术。根据原理的不同,目前主要采用的定量PCR方法包括极限稀释法、设立内参照物的定量PCR、荧光定量PCR(FQPCR)。

2.特点:具有操作简单、快速方便、灵敏度高、重复性好、污染率低等优势。

3.应用:目前广泛应用于医学检测、药物疗效考核、基因表达研究、转基因研究、基因检测、病原体检测、动植物检测、食品检测等各种领域。

七、反向PCR(Inverse PCR)

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1.原理:将侧翼区DNA转变成为引物内围区域,用合适的限制性内切酶在已知DNA序列之外切割,再将形成的限制性DNA片段连接成环状分子。所用引物与已知序列两端顺序同源,3’端方向为侧翼区未知DNA序列。经PCR扩增之后,其产物就是该环状分子中未知序列的DNA片段。

2.特点:必须选择一种合适的酶进行酶切才能得到合理大小的DNA片段,而这种选择不能在非酶切位点切断靶DNA。

3.应用:目前广泛应用于快速的等位基因分型,以及确定整合到基因组中的反转录病毒、转基因及转座子定位。

八、多重PCR(Multiplex-PCR)

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1.原理:同常规PCR工作原理相似,区别在于多重PCR反应体系加入一对以上引物,各对引物分别结合在模板相对应部位,最终扩增出一条以上目的DNA片段。

2.特点:可以通过优化反应体系和反应条件提高扩增的片段数量;在引物和反应条件的设计方面也有很大的灵活性,具有单个PCR的特异性和敏感性。

3.应用:目前广泛应用于包括核酸诊断在内的诸多领域。

九、长片段PCR(Long PCR)

1.原理:同用两种DNA聚合酶进行反应,一种是用耐热DNA聚合酶(常用Taq酶),以其较强的延伸能力进行链的延伸。另一种是具有3'→5'核酸外切酶活性的耐热DNA聚合酶(常用Pfu酶),以其较好的校读功能,将错配的碱基切割下来重新利用第一种酶进行链的延伸。

2.特点:随着高合成能力、高保真DNA聚合酶的发明,长片段PCR现在可在短时间内高准确性地完成;通过与一个强DNA结合蛋白的结合,聚合酶可获得高扩增能力,可在短时间内扩增长片段(如>20 kb gDNA片段);极高保真度(如>100xTag)可确保长片段扩增的低错误率。

3.应用:常用于长片段DNA的克隆、基因组研究、基因突变等。

十、高(G+C)含量PCR(GC-rich PCR)

1.原理:高(G+C)含量DNA模板形成的二级和三级结构,在高温环境中呈现变性或不完全变性状态。为了不使变性的DNA在低温下再次恢复复杂结构,将整个PCR扩增过程包括变性、退火和延伸都处于高温条件,使用高Tm值引物和耐高温的DNA聚合酶,扩增高(G+C)含量DNA模板。

2.特点:高合成能力的DNA聚合酶由于与模板的结合能力更强,有利于完成高GC含量PCR;超高热稳定性DNA聚合酶也有利于高GC含量PCR,因为较高的变性温度(如使用98℃代替95℃)可能会促进双链解离和PCR扩增。

3.应用:常用于高(G+C)含量基因或DNA片段的扩增、检测低丰度高(G+C)含量DNA序列、高(G+C)含量 DNA片段序列分析等。

十一、总结

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