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顶刊中常见的UpSet图看不懂?1分钟快速解答

2024-05-22 17:34:48
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我们时常在很多顶刊论文中看到UpSet图,但是往往被它看似复杂的图组结构“难住”!

其实UpSet图就是我们上一期介绍的韦恩图的高级版~这一期关于UpSet图的相关知识,我们依旧从以下几个方面来介绍:定义&用途、具体怎么看(案例分析)、相关疑问&解答(UpSet图和韦恩图的联系与区别、UpSet图和韦恩图的关系示意)

一、定义&用途

 

图片1.png

 

定义:UpSet图是一种用于展示不同组之间共有和特有部分的可视化方式,也是韦恩图的另一种替代方式。

用途:

广泛应用于gene组学、转录组学、代谢组学和蛋白质组学等研究领域:

  • 展示数据集合之间的交集关系。

  • 展示两两比较组间独有的及共有的差异基因数目。

  • 展示元素分类亚组或重点关注的交集区域。

二、UpSet图具体怎么看

 

图片2.png

案例解读:

研究者通过UpSet图显示样品之间共享的脂质种类数量,以及两者所特有的脂质种类,其中南极菌(Nha)含有110种脂质。而深湖菌的纯培养物(HP)始终含有约165种脂质,共培养物在前12小时内(Cc_12)有大约140种脂质,到48小时实验结束时(Cc_48)逐渐增加到约175种。

三、相关疑问&解答

(1)UpSet图和韦恩图有什么样的联系与区别?

UpSet图和韦恩图均可对集合共有和特有元素信息进行可视化,但是当数据分组过多(分组≥5)时,韦恩图看起来会非常杂乱,而UpSet图可以展示更多集合元素的共有和特有信息。

总结:

①分组<5,韦恩图可以更清晰地展示不同分组之间的交集关系。

②分组≥5,UpSet图可以更清晰地展示多个集合的交集情况。

③韦恩图的可视化数据图结构较为单一,UpSet图的数据展示方式更多元。

(2)UpSet图和韦恩图的关系示意

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