原子吸收分光光度法是基于基态原子对共振光的吸收：而原子荧光光度是处于激发态原子向基态跃迁，并以光辐射形式失去能量而回到基态。

　　而且这个激发态是基态原子对共振光吸收而跃迁得来的。因此，原子荧光包含了两个过程：吸收和发射。

　　色散系统：较之原子吸收荧光谱线更少，光谱干扰也少，所以可以用低分辨力的分光系统甚至于非色散系统。

　　光学排列：对于原子吸收，检测器必须观察初级光源（HCL），因为需要测量的是原子对光源特征辐射的吸收；而原子荧光的光学排列与原子吸收不同，往往要避开初级光源的直接射入，而以一定角度去观察原子化器，测定其向2pi立体角辐射的荧光。在有的资料上可以看到right angle view(直角观察)和front view(正面观察)这样的光学排列。

　　大多数AFS分析的元素，原子吸收都很难做，所以有人称其为原子吸收的好朋友，原子吸收的补充。

　　原子荧光和原子吸收都是光谱，原理稍微有些不同。原子荧光的特长是测量As，Se，Hg等一些过度元素和特殊的金属元素。原子吸收分火焰和石墨炉两种，主要测量重金属元素，石墨炉原子吸收测量重金属元素也可以达到ug/L级别。原子荧光和原子吸收在实验室里没有ICPMS的情况下作为互补，可以测量大部分金属元素和过度元素。具体谁更有优越性，检测限更低要根据具体的元素来定。

　　原子荧光和原子吸收的区别：

　　1、光路不同：原子吸收光源、原子化器和检测器在一条光路上；原子荧光为垂直光路。

　　2、原理不同：原子吸收利用原子的特征吸收光谱；原子荧光则利用原子的激发-跃迁光谱（荧光）。

　　3、灵敏度不同：对于原子吸收，增加光源强度同时会增加背景吸收，而原子荧光信号强度与激发光源强度成正比，故灵敏度可以极大提高。

　　原子荧光是原子蒸汽受具有特征波长的光源照射后，其中一些自由原子被激发跃迁到较高能态，然后去活化回到某一较低能态（常常是基态）而发射出特征光谱的物理现象。当激发辐射的波长与产生的荧光波长相同时，称为共振荧光，它是原子荧光分析中主要的分析线。另外还有直线跃迁荧光，阶跃线荧光，敏化荧光，阶跃激发荧光等，各种元素都有其特定的原子荧光光谱，根据原子荧光强度的高低可测得试样中待测元素含量。这就是原子荧光光谱分析。

　　从其用途上说原子荧光检测的项目具有局限性，现只能检测砷、汞等十一种元素。

　　原子吸收的检测面比较广。

　　实验室里，得原子荧光至今只检测砷和汞两种元素。其余的重金属用原子吸收或石墨炉。它只能检测在常温下能够生成气态氢化物的、能够发射荧光的元素，所以测定元素有限，但是凑巧的是，那些元素很重要，用原子吸收来检测很费劲，所以就有了推广的价值。原子吸收属于吸收光谱，原子荧光虽然仪器结构上与原子吸收相似但是原子荧光属于发射光谱，只是属于光致发光，这就是原理上的区别

　　相同点，都是吸收。

　　不同点，原子荧光是通过测量待测元素的原子蒸气在辐射能激发下产生的荧光发射强度，来确定待测元素含量的方法。原子吸收是通过原子蒸汽对空心阴极灯发射的特征辐射进行选择性吸收来确定待测元素含量的方法。