电穿孔法难点在于提高电穿孔的效率。实验操作者一般能从电转仪厂家得到转染的详细方案和优化指导。当你需要自己优化转染效率时，可以从以下方面进行：
1、外加电场的强度：电压过低，细胞膜不能形成小孔，使得外源分子通过；电压过高，细胞会受到不可逆损伤，以至于裂解。对于大部分哺乳细胞来说，电压250～500V/cm是合适的。实验操作者需要查询资料，找到所需细胞系转染的合适电场强度。
这部分的操作建议通过逐级增加电压来确定*佳转染电场强度。
2、电脉冲时间的长短：一般电脉冲只进行1次。根据电转仪的具体参数设置，不同仪器间差异较大。
3、温度：细胞在室温时电转染，瞬时表达水平*高；对于高强度电转，产生大量热量的实验来说，将细胞保持在0°C较好，但电转染后需要室温孵育一段时间。
4、DNA：线性DNA比环形DNA的转染效率高，合适浓度是1～40μg/mL。使用质粒时，需要提高质粒的纯度。
5、培养基：用缓冲盐溶液（HEPES盐缓冲液）悬浮细胞的转染效率较高，比使用含非离子物质（甘露糖、蔗糖）的缓冲液高数倍。
6、细胞状态：最好使用生长活跃、状态健康、无污染、传代次数低的细胞进行转染。
