之前有讲到基因干扰的体外实验常用到的几种方法和他们的特点，而体内实验和体外实验还是有些差别的。
体内实验进行基因干扰目前接触到的主要有两种形式：siRNA形式和shRNA病毒。
siRNA的形式应用于体内实验
siRNA的形式应用于体内实验还需要进行相应的化学修饰，因为siRNA本身是属于RNA，也具有RNA不稳定、易降解的特点，所以对siRNA进行相应的化学修饰可以提高其稳定性和半衰期，从而更好的发挥基因干扰的效果。
目前接触过的用于体内实验的修饰方式有：甲氧基修饰（2’-OMe）、硫代磷酸修饰、2’-氟嘧啶修饰、5’-嗅尿嘧啶修饰、胆固醇修饰等。体内实验自然要涉及到如何给药方式的问题，目前常用的是尾静脉注射和局部注射。尾静脉注射可能需要的siRNA的量会更多一些。
用于体内实验的siRNA一般用HLPC纯化方式进行纯化，溶解建议用生理盐水，避免有内毒素等热源引起的体内免疫反应。
用于体内实验的siRNA一般不需要转染试剂。因为转染试剂本身属于外源性的物质，可能会引起体内的免疫反应。当然有老师可能会进行体内材料相关的研究，那着重点会是材料，那自然就更不要转染试剂。
shRNA病毒用于体内实验
shRNA病毒应用体内实验可能主要会有两种形式，一种是动物的成瘤实验，另一种是直接用病毒注射动物进行基因干扰实验。前一种严格意义来讲病毒应该主要应用于体外，形成稳定的表达的细胞系后，将对照细胞和shRNA稳转的细胞进行体内种植，进行成瘤实验。所以这个实验只能用shRNA慢病毒进行。
直接用病毒进行体内基因干扰实验，常用的三种病毒（慢病毒、腺病毒、腺相关病毒）都可以进行，受制于三种病毒各自的优缺点，更推荐用腺相关病毒，但它的价格也是更高的。
