细胞培养污染可能会导致生物实验的结果出现误差，因此在进行细胞培养实验时，需要采取一些方法来避免或减少细胞培养污染的情况发生，常见的方法包括以下几种：
1） 正确的移液工具
如果移液操作不当，分装样品可能会受到污染。因此，选择合适的细胞培养移液管和高质量的耗材是保证分装样品清洁度的保证。与实验室常用的双键吸管相比，单键吸管可以更好地减少气溶胶污染，因为单键吸管撞击吸盘时活塞不需要反弹，直接按压
2）具有生物安全柜功能的滤芯吸头
除吸管外，使用滤芯吸头可减少气溶胶污染。首选双滤芯吸入头。它有两层过滤元件和不同的孔径，以确保超高的阻隔效率。滤芯性能符合en 1822标准（空气过滤等级），并具有HEPA E12过滤性能
3）使用培养瓶培养细胞，尤其是带有透气盖的培养瓶。与培养皿或培养板相比，只有培养瓶口可以与外界连接，减少了外界气体和微生物与培养细胞的接触，降低了污染的可能性。带有滤膜的透气瓶盖能更有效地防止细菌、病毒和支原体的污染
4）水浴设备应清洁保养良好
水是主要污染源之一。使用水浴设备进行细胞复苏时，必须注意防止细胞培养细菌或霉菌污染。相关设备应每周覆盖并彻底清洁。可以在水浴中添加抑菌剂，以限制细菌增殖。锥形瓶/样品管从水浴中取出后应进行有效消毒。相比之下，金属浴可以提供无污染的温度控制条件。金属浴的恒温设备比水浴的恒温设备更能有效地控制污染。
（5）二氧化碳培养箱是细胞培养的关键设备。根据英国癌症医学杂志2014年的《生物医学研究中细胞系的使用指南》，对于如何选择二氧化碳培养箱的标准有明确的建议：
1、二氧化碳培养箱应采用防锈材料制成，如不锈钢。其他材料如纯铜盒在防止霉菌污染方面也有显著效果。
2、内罐表面应光滑，无焊缝，便于清洁
3、在高温灭菌前，可完全拆卸搁板和搁板框架进行清洁和准备
4、一些培养箱内置HEPA过滤器以过滤内部空气。然而，只有通过设计没有风扇的培养箱，我们才能真正减少由于室内空气快速流动而导致污染物扩散的可能性。
