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ceRNA整合分析,技术路线及方法解析

2022-07-08 10:44:44
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  (1)简介

  人类基因组测序结果分析表明,全基因组中能够编码蛋白质的DNA 仅占有很少一部分,绝大部分为不编码蛋白质的DNA,这些DNA转录形成的产物即为非编码RNA。非编码RNA(包含microRNA和long no-coding RNA)在细胞分化和代谢等生命活动中扮演着举足轻重的作用。lncRNA 与miRNA 之间可通过相互调控来影响肿瘤的发生发展。由于多数lncRNA的结构与mRNA 具有一定的相似性,提示miRNA可能通过类似于mRNA 的作用机制负性调控lncRNA 的表达,进而发挥一系列生物学作用。lncRNA 通过与miRNA 竞争结合靶基因mRNA 的3′-UTR,间接抑制miRNA 对靶基因的负向调控;2) 某些lncRNA 通过细胞内的剪切作用可形成miRNA 的前体,进而加工生成特异miRNA,调控靶基因的表达进而发挥功能;3) 个别lncRNA 可发挥内源性miRNA 海绵的功能,抑制miRNA的表达。因此,整合分析miRNA-lncRNA-mRNA之间的调控关系能够更全面的阐述疾病的发生和发展。

  (2)技术路线及方法

图例

  (3)实验验证

  Real-time PCR验证差异表达的miRNA, lncRNA和mRNA。

  双荧光素酶报告基因验证miRNA与其靶基因的相互作用

  (4)样本要求

  每组样本不少3个。

  mRNA测序:RNA样品总量: ≥1.5 μg;RNA样品浓度: ≥50 ng/μL

  microRNA测序:RNA样品总量: ≥3 μg;RNA样品浓度: ≥200 ng/μL

  lncRNA测序:RNA样品总量: ≥3 μg;RNA样品浓度: ≥100 ng/μL

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